แพทย์จะให้การดูแลรักษา ดังนี้
1. ถ้าอาการไม่รุนแรง ให้การรักษาด้วยยาลดไข้ และยาปฏิชีวนะ (เช่น อะม็อกซีซิลลิน โคไตรม็อกซาโซล โอฟล็อกซาซิน ไซโพรฟล็อกซาซิน โคอะม็อกซิคลาฟ เป็นต้น) โดยทั่วไปหากไม่มีภาวะแทรกซ้อน ผู้ป่วยจะมีอาการดีขึ้นหลังให้ยาปฏิชีวนะ 48-72 ชั่วโมง ซึ่งแพทย์จะให้ยาติดต่อกันนาน 14 วัน ในรายที่กินยาไม่ได้ก็จะให้ยาปฏิชีวนะชนิดฉีดแทน
2. ถ้าอาการไม่ทุเลา 72 ชั่วโมง หรือมีอาการรุนแรง หรือมีภาวะแทรกซ้อน (เช่น ช็อก ความดันโลหิตสูง ปัสสาวะออกน้อย ซีด เหลือง หรือสงสัยโลหิตเป็นพิษ) แพทย์จะรับตัวไว้รักษาในโรงพยาบาล ทำการตรวจพิเศษต่าง ๆ เพื่อค้นหาเชื้อที่เป็นสาเหตุ และภาวะผิดปกติที่เป็นปัจจัยเสริมให้มีการติดเชื้อ
การรักษา แพทย์จะให้ยาปฏิชีวนะตามชนิดของเชื้อที่ตรวจพบ ในระยะแรกมักให้ยาปฏิชีวนะชนิดฉีด เช่น เซฟาโลสปอริน
ถ้าพบความผิดปกติอื่น ๆ ก็อาจให้การแก้ไขร่วมไปด้วย เช่น รักษาโรคเบาหวาน, การผ่าตัดแก้ไขความผิดปกติของโครงสร้างทางเดินปัสสาวะ ต่อมลูกหมาก นิ่วในทางเดินปัสสาวะ เนื้องอก เป็นต้น
3. หลังจากรักษาจนอาการหายเป็นปกติแล้ว แพทย์จะนัดผู้ป่วยมาตรวจให้แน่ใจว่าไม่มีการอักเสบของทางเดินปัสสาวะหลงเหลืออยู่ (โดยการตรวจปัสสาวะพบว่ามีจำนวนเม็ดเลือดขาวอยู่ในเกณฑ์ปกติ) ทั้งนี้เนื่องจากผู้ป่วยบางรายอาจกลายเป็นกรวยไตอักเสบเรื้อรังโดยไม่รู้ตัวเพราะไม่มีอาการ ซึ่งหากปล่อยไว้ไม่ได้รับการรักษา ในระยะยาวก็อาจกลายเป็นไตวายเรื้อรังได้
ผลการรักษา ส่วนใหญ่เมื่อได้ยาปฏิชีวนะ มักหายได้ภายใน 2-3 สัปดาห์ ส่วนน้อยที่อาจกลายเป็นกรวยไตอักเสบเรื้อรัง สำหรับผู้สูงอายุ ผู้ป่วยเบาหวานหรือมีภูมิคุ้มกันต่ำ หรือได้รับการรักษาล่าช้าไป ก็อาจมีภาวะแทรกซ้อน (เช่น โลหิตเป็นพิษ ไตวาย) ซึ่งอาจเป็นอันตรายถึงเสียชีวิตได้
