- ไวรัสเริม (herpes simplex virus) ไวรัสอีสุกอีใส-งูสวัด (varicella-zoster virus) ไวรัสพิษสุนัขบ้า (rabies virus) ซึ่งเชื้อจะเข้าสู่สมองทางเส้นประสาท (peripheral nerve)
- ไวรัสหัด (rubeola virus) หัดเยอรมัน (rubella virus) คางทูม ไข้ผื่นดอกกุหลาบในทารก โปลิโอ ไวรัสเอนเทอโร (enterovirus) ไวรัสไข้หวัดใหญ่ (influenza virus) ซึ่งเชื้อจะเข้าสู่สมองโดยผ่านทางกระแสเลือด
- ไวรัสเอชไอวี ซึ่งเป็นต้นเหตุของโรคเอดส์
- ไวรัสนิพาห์ (Nipah virus) ซึ่งอยู่ในหมู ติดต่อสู่คนโดยการสัมผัสโดยตรง โรคนี้พบมากในกลุ่มที่มีอาชีพเลี้ยงหมู มีรายงานโรคนี้ครั้งแรกที่ประเทศมาเลเซียเมื่อปี พ.ศ. 2541 มีอัตราตายสูงถึงร้อยละ 32
- ถ้าเกิดจากเชื้อเริม หรือเชื้ออีสุกอีใส-งูสวัด ให้ยาต้านไวรัส
- ถ้าเกิดจากเชื้อเอชไอวี ให้ยาต้านไวรัสเอดส์
- ถ้าเกิดจากเชื้อแบคทีเรีย หรือเชื้อรา ให้ยาต้านจุลชีพตามชนิดของเชื้อต้นเหตุ
โรคนี้อาจมีสาเหตุจากมาลาเรียดังที่เรียกว่ามาลาเรียขึ้นสมอง ถ้าพบอาการสมองอักเสบในคนที่อยู่ในเขตป่าเขาหรือเคยเดินทางไปเที่ยวเขตป่าเขาในระยะ 1 เดือนที่ผ่านมา ควรเจาะเลือดตรวจหาเชื้อมาลาเรียและให้การรักษาแบบมาลาเรียขึ้นสมอง