เยื่อหุ้มสมองอักเสบแบ่งออกได้หลายชนิด ซึ่งมีสาเหตุและความรุนแรงแตกต่างกันไป เช่น
1. เยื่อหุ้มสมองอักเสบเฉียบพลันชนิดมีหนอง (acute purulent meningitis) อาจเกิดจากเชื้อนิวโมค็อกคัส (pneumococcus) สเตรปโตค็อกคัส (streptococcus) อีโคไล (E. coli) เมนิงโกค็อกคัส (meningococcus) สแตฟีโลค็อกคัส (staphylococcus) เคล็บซิลลา (klebsiella) ฮีโมฟิลุสอินฟลูเอนเซ (Hemophilus influenzae) เป็นต้น ซึ่งมักจะมีอาการเกิดขึ้นฉับพลันทันที และมีความรุนแรง อาจเป็นอันตรายในเวลาอันรวดเร็ว
เชื้อโรคอาจแพร่กระจายจากแหล่งติดเชื้อที่ส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย (เช่น ปอดอักเสบ กระดูกอักเสบเป็นหนอง คออักเสบ ฝีที่ผิวหนัง โรคติดเชื้อของทางเดินปัสสาวะ) ผ่านกระแสเลือดไปที่เยื่อหุ้มสมอง
หรือไม่เชื้อก็อาจลุกลามโดยตรง เช่น ผู้ป่วยหูชั้นกลางอักเสบเรื้อรัง ไซนัสอักเสบ อาจมีเชื้อโรคจากบริเวณดังกล่าวลุกลามไปถึงเยื่อหุ้มสมองโดยตรงหรือผู้ป่วยที่มีกะโหลกศีรษะแตก อาจมีเชื้อโรคลุกลามจากภายนอก เป็นต้น
2. เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากวัณโรค (tuberculous meningitis) เกิดจากเชื้อวัณโรค ซึ่งมักจะแพร่กระจายจากปอดหรือส่วนอื่น ๆ ของร่างกายไปที่เยื่อหุ้มสมองโดยผ่านทางกระแสเลือด โรคนี้มักจะมีอาการค่อย ๆ เกิดขึ้นอย่างช้า ๆ อาจกินเวลาเป็นสัปดาห์ แต่ผู้ป่วยมักมาพบแพทย์เมื่อมีอาการรุนแรง จึงทำให้มีอัตราตายหรือพิการค่อนข้างสูง พบได้ทั้งในเด็กและผู้ใหญ่ พบมากในเด็กอายุ 1-5 ปี
3. เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากไวรัส (viral meningitis) อาจเกิดจากเชื้อคางทูม เชื้อไวรัสเอนเทอโร (enterovirus) เชื้อค็อกแซกกี (coxsackie virus) ไวรัสเฮอร์ปีส์ (herpesvirus) เชื้อเอชไอวี เป็นต้น เชื้อโรคมักแพร่กระจายผ่านทางกระแสเลือด ทำให้เกิดการอักเสบของเยื่อหุ้มสมอง และบางกรณีอาจมีการอักเสบของเนื้อสมองร่วมด้วย
4. เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อรา ที่พบบ่อยในบ้านเรามีสาเหตุจากเชื้อคริปโตค็อกคัส (cryptococcus) ซึ่งพบในอุจจาระของนกพิราบ ไก่ และตามดิน เชื้อจะเข้าสู่ร่างกายโดยการหายใจเข้าทางปอด ผ่านกระแสเลือดไปที่เยื่อหุ้มสมอง อาการจะค่อย ๆ เกิดขึ้นอย่างช้า ๆ เช่นเดียวกับเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากวัณโรค มักพบในผู้สูงอายุและผู้ที่มีร่างกายอ่อนแอเนื่องจากเป็นโรคเอดส์ มะเร็ง โรคเรื้อรัง (เช่น เบาหวาน เอสแอลอี ไตวาย ตับแข็ง เป็นต้น) หรือมีประวัติกินยาสเตียรอยด์ หรือยากดภูมิคุ้มกันมานาน ส่วนในเด็กพบได้น้อยมาก เป็นโรคที่มีอันตรายร้ายแรงชนิดหนึ่ง เยื่อหุ้มสมองอักเสบชนิดนี้ มีชื่อเรียกว่า เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อคริปโตค็อกคัส (cryptococcal meningitis)
5. เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากพยาธิ (eosinophilic meningitis) ที่พบบ่อยในบ้านเรา ได้แก่ ตัวจี๊ด และพยาธิแองจิโอ (Angiostrongylus canthonensis) โรคนี้อาจมีความรุนแรงมากน้อยแล้วแต่ความผิดปกติที่เกิดขึ้นในสมอง ถ้ามีเลือดคั่งในสมองหรือสมองส่วนสำคัญถูกทำลายก็อาจทำให้ตายหรือพิการได้ ถ้าเป็นไม่รุนแรงจะหายได้เอง
พยาธิแองจิโอ พบมากทางภาคกลางและภาคอีสาน เป็นพยาธิที่มีอยู่ในหอยโข่ง ผู้ป่วยส่วนใหญ่มักมีประวัติกินหอยโข่งดิบก่อนมีอาการประมาณ 1-2 เดือน พยาธิเข้าไปในกระเพาะสำไส้และไชเข้าสู่กระแสเลือดแล้วขึ้นไปที่สมอง โรคนี้มักพบในตอนปลายฤดูฝน เพราะเป็นช่วงที่หอยโข่งตัวโตเต็มที่ ซึ่งชาวบ้านจะจับกิน
6. เยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้ออะมีบา (primary amebic meningoencephalitis) เกิดจากเชื้ออะมีบาที่มีชื่อว่า Naegleria fowleri ซึ่งอาศัยอยู่ในบ่อน้ำหรือที่มีน้ำไหลช้า ๆ หรือที่เป็นดินโคลน เชื้อเข้าสู่ร่างกายทางจมูกโดยการเล่นน้ำในบึง คู คลอง หรือสระน้ำที่มีเชื้ออยู่ หรือถูกน้ำสาดเข้าจมูก หรือสูดน้ำเข้าจมูก ตัวอะมีบาจะไชผ่านเยื่อบุของจมูก และเส้นประสาทการรู้กลิ่น (olfactory nerve) เข้าบริเวณฐานสมอง แล้วแพร่กระจายไปยังส่วนต่าง ๆ ของสมองและเยื่อหุ้มสมอง ระยะฟักตัว 3-7 วัน (อาจนานถึง 2 สัปดาห์) โรคนี้มีความร้ายแรง ซึ่งส่วนใหญ่จะเสียชีวิต
7. เยื่อหุ้มสมองอักเสบที่เกิดจากภาวะแทรกซ้อนของโรคติดเชื้อต่าง ๆ เช่น ไทฟอยด์ สครับไทฟัส เล็ปโตสไปโรซิส ซิฟิลิส เมลิออยโดซิส บรูเซลโลซิส เป็นต้น
8. อื่น ๆ เช่น เอสแอลอี มะเร็งบางชนิด ผลข้างเคียงจากยา (เช่น ยาต้านอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ โคไตรม็อกซาโซล เพนิซิลลิน ไซโพรฟล็อกซาซิน อัลโลพูรินอล เมโทเทรกเซต เป็นต้น ซึ่งมักเกิดกับผู้ป่วยที่เป็นโรคภูมิต้านตนเอง และหลังหยุดยาโรคก็จะทุเลาไปเอง)